En septiembre de 2004 se estableció un Consejo Científico para la Fundación Huinay que consta de 6 miembros. Este Consejo está compuesto por 4 científicos chilenos, 1 europeo y 1 norteamericano:
Dr. Carlos Moreno
Universidad Austral de Chile, Valdivia
Departamento de Ecología y Evolución
Dr. Roberto Rodríguez
Universidad de Concepción
Departamento de Botánica
Dr. Sergio Navarrete
Pontificia Universidad Católica de Santiago
Departamento de Ecología y Evolución
Dr. Wolfgang Stotz
Universidad Católica del Norte, Coquimbo
Departamento de Biología Marina
Dr. Wolf Arntz
Alfred-Wegener-Institut for Polar and Marine Research (AWI)
Bremerhaven, Alemania
Dr. Paul Dayton
Scripps Institution of Oceanography,
Universidad de California San Diego (UCSD), USA