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a) Las habitaciones (alojamiento) para los científicos visitantes están compuestas por dos unidades principales conectadas por una habitación común con cocina y
chimenea, donde los científicos de paso se relajan mientras escuchan música o miran videos.
Existen 5 habitaciones con 2 camarotes cada una y tres departamentos con capacidad para un máximo de 3 personas (una cama de dos plazas y otra single). Esto hace un total de 19 camas disponibles. En el pueblo pueden arrendarse habitaciones alternativas (baratas y sencillas).
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b) Junto a la oficina de Administración se encuentra la sala de exhibición que contiene información general sobre el Centro Científico Huinay y el Fiordo Comau. Esta sala está equipada para presentaciones, usualmente utilizada durante tures de visitantes y a veces para ver películas para los residentes del Centro Científico.  |
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c) La oficina de administración se encuentra entre las habitaciones de alojamiento y
la zona del muelle. De sus dos salas, una es la oficina de administración y la sala contigua es la sala de exhibición.
La estación meteorológica en la ladera al lado de la oficina de administración registra las condiciones climáticas de precipitación, radiación solar, presión atmosférica, temperatura de aire y suelo y dirección y velocidad del viento.
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d) Hay dos casas para el staff en el Centro Científico Huinay.
La que se encuentra más cerca de los dormitorios pertenece al administrador en terreno y la otra es del director científico. 
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e)El comedor / auditorio es el corazón social del Centro Científico Huinay.
Aquí se sirven los almuerzos y cenas, se dan charlas, o simplemente se disfruta la gran vista del fiordo. 
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f) La torre de observación, al lado del laboratorio húmedo, ofrece una gran panorámica de la bahía de Huinay, del fiordo Comau,
de la península Huequi y del masiso del Cerro Tambor detrás del Centro Científico Huinay.
Se usa para estudios científicos como punto de observación de delfines y de lobos marinos. 
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g) El Laboratorio Húmedo está ubicado entre el comedor y el Laboratorio Seco. Pasando en el sentido del reloj, en la entrada primero se ingresa a la sala de sorting (clasificación de material biológico), continuando con la sala de acuarios, con acuarios dispuestos sobre mesas en una sección y un sector de cultivo con tinas de gran capacidad. La sala de acuarios tiene redes de agua salada y agua dulce. A continuación se encuentra la sala de preparación de químicos, junto a la sala foto eléctrica, donde se manipulan y almacenan los equipos más delicados de fotografía submarina lejos del agua salada. 
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La base de buceo se ubica en el subterráneo del laboratorio húmedo. Posee una sala de compresión donde se llenan los tanques para buceo, una sala de almacenamiento general, una sala de secado y camarines para el equipamiento de buceo y preparación previa, un pequeño taller, duchas, baño, camarines y un sauna para recuperar algo de calor después de una fría inmersión.
Fuera del subterráneo se encuentra la tina con agua corriente y duchas para limpiar todo tipo de equipamiento de buceo y de investigación.  |
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h) En el Laboratorio Seco se encuentra el laboratorio multifuncional central, una sala de microscopios e instrumentos de precisión, computadores centrales totalmente equipados con diversos periféricos incluyendo conexiones para Internet, y una biblioteca en constante expansión con áreas de lectura. Aquí también se encuentran las oficinas de los Directores y Asistentes Científicos.  |
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i) El puerto de entrada y parte integral del Centro es el muelle flotante donde atraca la lancha de pasajeros “Huinay” el Zodiac “Benthos” y el bote de trabajo “Llonco”. Aquí se descargan equipos y provisiones, y las lanchas de los colonos de Huinay y embarcaciones turísticas dejan sus pasajeros. Pero sobre todo el mulle flotante es el punto de partida donde zarpan biólogos marinos y oceanógrafos para realizar sus investigaciones.  |
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